Nieuw model AlphaGenome voorspelt functie van regulerend dna

Een internationaal onderzoeksteam van Google DeepMind presenteert in Nature van 28 januari een nieuw model dat de specifieke regulerende functies van dna-codes kan voorspellen: AlphaGenome. Het model is getraind op dna van muizen en mensen en de onderzoekers zijn enthousiast. Zij stellen dat het momenteel een van de beste modellen is voor het voorspellen van variaties in het dna.

AlphaGenome kan codes van regulerend dna tot wel 1 miljoen basen analyseren. Waar andere modellen zoals SpliceAI of ProCapNet ook dna-functies kunnen voorspellen, is AlphaGenome de eerste die het voor zulke grote stukken dna tegelijk kan. Dat is ook wel nodig, want AlphaGenome analyseert stukken niet-coderend dna, dat tot wel 98 procent van ons genoom beslaat. 

AlphaGenome vertelt in sommige gevallen tot op de enkele base precies of het dna waarschijnlijk betrokken is bij het aan of uit zetten van een gen, bij splicing van rna, of bij het beter leesbaar maken van het stuk dna. Onderzoekers hopen dat AlphaGenome zo een waardevol hulpmiddel wordt bij het ontrafelen van de functies van het grootste gedeelte van het genoom.